Les effectifs nicheurs sont soumis à des fluctuations interannuelles importantes, liées à des hivers rigoureux provoquant une forte mortalité. Ces déclins sont cependant compensés par des saisons de bonnes reproductions. Les autres menaces tiennent aux produits phytosanitaires utilisés dans l'agriculture à l'origine d'empoisonnements, aux clôtures en fil de fer barbelé à l'origine d'accidents mortels, aux cas d'électrocution et de collision sur des lignes électriques, aux fâcheuses rencontres avec les automobiles… Ajoutons que le prédateur de l'Effraie est la Fouine qui peut se nourrir des œufs, des jeunes et même d'adultes lorsque l'occasion se présente.

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